Phantasy Star II inicia com um curto monólogo no qual o personagem Rolf lembra-se de um estranho pesadelo que teve e se repete. No sonho, uma jovem garota, que lembra Alis de Phantasy Star 1, está combatendo um demônio. Porém, Rolf não sabe nada sobre a identidade da garota. Além disso, mesmo com Rolf perto, ele é incapaz de se mover ou falar enquanto o demônio está atacando a garota. Finalmente, no momento em que o demônio iria matar a garota, Rolf acorda.
De sua casa na capital Motaviana, Paseo, Rolf vai para a Torre Central para se encontrar com o Governador de Motávia, para receber sua nova missão.
Com o Sistema de Algol controlado por um estranho computador, os habitantes levam uma vida ociosa e fácil. Eis que ocorre um defeito no sistema e a energia usada para controlar a temperatura do planeta é desviada para um laboratório, onde criaturas adaptadas ao clima local são criadas. O caos se instala quando monstros agressivos começam a aparecer. Cabe ao agente Rolf a missão de desvendar os segredos por trás do computador “Cérebro-Mãe”, que aparentemente está tentando destruir o Sistema de Algol.
Muito bom!!!! Thank´s!!!!