Yu-Gi-Oh! GX Spirit Caller para Nintendo DS transporta o jogador para o universo do anime Yu-Gi-Oh! GX, colocando-o como um estudante recém-chegado à Duel Academy. Ao lado de personagens conhecidos como Jaden Yuki, Chazz Princeton e Alexis Rhodes, o jogador participa de duelos, faz amizades, enfrenta rivais e se envolve em uma trama que mistura competições estudantis e mistérios sobrenaturais. A presença dos espíritos das cartas, que interagem diretamente com o protagonista, dá um tom mais pessoal à narrativa, mostrando a ligação entre duelistas e seus monstros favoritos enquanto a academia se torna palco de eventos que podem afetar muito mais do que simples torneios escolares.
A jogabilidade é focada em duelos de cartas no estilo tradicional de Yu-Gi-Oh!, seguindo as regras oficiais da época. O jogador constrói seu deck com centenas de cartas disponíveis, equilibrando monstros, magias e armadilhas para criar estratégias personalizadas. A progressão envolve explorar a academia, conversar com outros duelistas e desafiá-los em batalhas que variam em dificuldade.
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