A história de Shinobi não era algo muito diferente do que seus antecessores já tinham trazido anteriormente, porém, por conta das cutscenes animadas e das novas tecnologias, toda a trama pode ser contada de forma mais clara. E assim começa a aventura de Hotsuma, um jovem ninja criado com seu rival Moritsune pelo Clã Oboro a fim de decidir futuramente quem seria o portador da Akujiki, uma poderosa espada que precisa absorver a alma dos inimigos para não tirar a vida do próprio dono.
A jogabilidade de Shinobi pode até ser um pouco repetitiva, mas a fórmula básica de combate misturada com sessões de plataforma e pulos acrobáticos são um desafio e tanto. Aliás, o game é considerado um dos jogos mais difíceis da geração, já que caso o jogador morra, voltar do início da fase é inevitável.
