Super Mario RPG – Legend of the Seven Stars começa com a Princesa Toadstool sendo novamente raptada por Bowser. Mario corre até o castelo de Bowser e salva a princesa. Entretanto, ao contrário dos jogos anteriores da série Mario, em Super Mario RPG, Bowser não é o principal vilão.
Uma espada gigante, que tem nome de Exor, desce do céu e cai diretamente sobre o castelo de Bowser, arremessando para longe os que neste estavam. Mario aterrissa em sua casa, enquanto que o destino da Princesa e de Bowser é um mistério. Ao retornar ao castelo de Bowser, Mario observa a espada gigante derrubar a ponte que dá acesso ao castelo. Decide então procurar a princesa em outros lugares.
No caminho, Mario encontra Mallow, uma nuvem moradora da “Planície dos Sapos” e tem um nível muito alto de magia e Geno, uma estrela que possuiu um boneco pertencente a Gaz (um garoto morador da cidade rosa) e descobre que este último não é deste mundo. Geno está atrás das Sete Estrelas que compõem a Star Road, as quais caíram na Terra após a queda da espada gigante chamada Exor. Geno revela também que a espada é um dos membros da gangue de Smithy, o principal vilão do jogo.
Mais tarde, Mario encontra Bowser batendo na porta da Booster Tower, o local onde a princesa caiu, após ser arremessada pelo impacto da espada gigante. Bowser une-se à Mario para recuperar seu castelo e ambos resgatam a Princesa. Agora, os três, juntamente com Mallow e Geno, partem para recuperar as estrelas perdidas e derrotar Smithy.
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