Mortal Kombat – Deadly Alliance GBA começa depois que Quan Chi foi mandado de volta para o Submundo após a derrota de Shinnok para Raiden e seus guerreiros, ele acaba conseguindo fugir novamente e no caminho acaba encontrando a tumba do exército morto de Onaga. Com isso também descobre que o Rei Dragão (Onaga) pode voltar à vida caso se junte um grande número de almas sacrificadas em nome do mesmo. Para que isso pudesse realmente acontecer, Quan Chi precisava de ajuda, procurou então um antigo feiticeiro de Shao Kahn, um muito bem conhecido pelos guerreiros das Forças da Luz. Seu nome era Shang Tsung. Assim, foi formada a Aliança Mortal. A Aliança Mortal faz sua primeira vítima de muitas matando surpreendentemente o monge Liu Kang na própria Academia Wu Shi e Shao Kahn em seu próprio trono. Liu Kang e Shao Kahn foram mortos com o intuito de impedir que atrapalhassem os planos da Aliança. Após a morte de Liu Kang, um novo torneio foi criado, incluindo Guerreiros da Luz como Jax, Johnny Cage, Kung Lao, Sonya Blade e Raiden e os guerreiros do lado malígno como Kano, Shang Tsung, Reptile e Quan Chi. Além desses, novos guerreiros foram convocados e lutam por interesses diferentes como Mavado, Hsu Hao, Li Mei, Bo’ Rai Cho e Kenshi.
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